Тврдња о постојању два пристаништа чини се сасвим логичном због стратешких потреба града на две реке. Врло рано, вероватно због одбране државне границе према Византији, створено је Западно подграђе са утврђеним пристаништем на Сави. Бедеми Западног подграђа помињу се у писаним документима већ у једанаестом веку приликом угарских напада. Спречавали су продирање у Западно подграђе, али и упаде у Горњи град и унутрашње утврђење. Бедем на североистоку био је двоструких зидова, а на југоистоку беше ојачан воденим ровом.

Током археолошких истраживања темеља бедема Западног подграђа на североистоку 1961. године утврђено је постојање римског културног слоја и остаци римског зида. Ту су, затим, налази који сведоче о доласку и настањењу Словена и потом турског становништва. То су докази о непрекидној насељености Западног подграђа, све до првих записа о постојању пристаништа на Сави.

У „Житију Стефана Лазаревића” Константин Филозоф два пута помиње пристаниште на Сави: као склониште за лађе и као место до кога води тајни пролаз. Извесно је да је деспот током радова на утврђивању престонице желео да уреди и ојача пристаниште на Сави које је обезбеђивало везе с Угарском и његовим поседима преко реке. Сматра се да је управо ово пристаниште описао Бертрандон де ла Брокијер који је у Београду боравио 1433. године.

„У њему постоји једно мало пристаниште, у коме могу стати петнаест до двадесет галија, а чувају га две куле где има један ланац од једне до друге, како ми рекоше, јер је река била толико велика да нисам могао видети тај речени ланац.”

Пловила на рекама помињу се током опсаде и сукоба под Београдом 1456. године. Најжешћи окршај био је 14. јула, кад су се сукобиле флоте Угарске и Турске. Угарским бродовима придружило се четрдесет бродова српских шајкаша који су испловили из Савског пристаништа.

Пристаниште које је могло да прими четрдесет бродова и да им обезбеди сигурност и спремност да у сваком тренутку могу да исплове на реку морало је да изгледа управо онакво каквим га приказују планови Београда с краја седамнаестог века. Савско пристаниште губи војни значај с доласком турске управе и користило се као зимовник за пловила. Вероватно је напуштено као стратешки важно после 1521. године, кад су померене турске државне границе северно од Београда. До промена је дошло приликом припрема за сукоб са Аустријом 1688. године и прилаз пристаништу затвара се дрвеним палисадом, а постојали су и бастиони с топовима.

Савска падина и обала поново постају важна места у Београду у време владавине кнеза Милоша. Дунавско пристаниште је као непогодно напуштено, а на обали Саве убрзо се развијају послови извоза и увоза разноврсне робе. Остало је још само име Лиман, турски назив за пристаниште. Сећања на те дане налазе се у делу Сретена Л. Поповића „Путовање по Новој Србији”: „За мојег детињства, а и после тога дужег времена, радио је тај Лиман. Лиман је што и пристаниште у које су се укрцавале лађе од ветра и ту се истоварале и товарале. С пролећа, како би се отворила пловидба по Сави, био је тај Лиман пун босанских лађа. Ове су здраво дугачке, а мање широке, са одвећ издигнутим крајевима спреда и остраг. На овим лађама доношене су Уном и Савом пресне јабуке, крушке, суве шљиве, пекмез у дугачким фучијама, мед и брезове метле. Јабука, крушака и сувих шљива којекако ослободисмо се да нам не долазе са стране, но метала брезових, код толиких наших брезових шума још никако не можемо!”

Лиман је до 1857. године припадао Ани Сарафовици. Те године је на седници Државног савета министар финансија Јован Маринковић тражио две хиљаде седам стотина дуката како би се од власнице откупио Лиман и околина „ради проширења пристаништа”. На истој седници одлучено је да се стовариште и Ђумрук изместе у бару Венецију више Лимана.

Последњих деценија деветнаестог века завршена је железничка пруга и повезана с пристаништем, изграђено је јавно складиште Српске кредитне банке, подигнута је зграда Капетаније, а од 1862. године Савом и Дунавом пловио је први српски пароброд „Делиград”. Савско пристаниште и околина постали су место где је живот пулсирао двадесет четири сата дневно. Све што је долазило из Аустрије и осталих делова Европе морало је да прође овуда, јер је железнички мост саграђен тек 1884. године. До тада и све до Првог светског рата, око пристаништа било је веома живо. Људи су се с бошчама и другим пртљагом гурали и журили, неко да не изгуби лађу, неко, опет, да се не мимоиђе са онима које дочекује, тако да је увек владала неописива гужва. Мале кафане око пристаништа биле су отворене 24 сата. У њима су седели путници, али и многе ноћобдије. Ту је била и државна граница - преко пристаништа је ишао и увоз и извоз робе, па су све околне улице биле стално закрчене теретним колима. У тој гужви пробијали су се и фијакери с путницима и тешка кола натоварена робом, па је увек било бучно.

После Првог светског рата границе су се помериле на запад и север, а саобраћај је усмерен другим правцима. Преко Саве саобраћај је кренуо мостом, а пристаниште је утихнуло заједно са савском чаршијом.

У „Житију деспота Стефана Лазаревића” Константин Филозоф описује Београд као „седмоврхи” град, а под „врховима” подразумева делове града. Тако је Дунавско пристаниште „за царске лађе” „други врх”.

Према неким штурим подацима сматра се да је Дунавско пристаниште постојало још у дванаестом веку за потребе трговине и транзита и да се преко њега одвијао превоз робе из Немачке ка Цариграду и обратно. Ипак, први поуздани писани доказ о постојању два пристаништа у Београду је „Житије деспота Стефана Лазаревића”. Претпоставља се да у време деспота у Савско пристаниште нису могли да уплове трговачки бродови на путу средња Европа - Блиски исток, па им је безбедност гарантована на Дунавском.

Не зна се како је Дунавско пристаниште изгледало у време деспота Стефана, али је извесно да је постојао вештачки створен залив уз североисточни бедем Доњег града. Прављење залива произашло је из потребе регулисања снажних речних струја уз само ушће Саве у Дунав и за безбедно пристајање и сидрење пловила.

Један од ретких и зато драгоцених описа Београда и ушћа Саве у Дунав оставио је Бертрандон де ла Брокијер који је у Србији боравио 1432. и 1433. године:

„Та варош и тврђава Београд је у Расији, у врло лепом крају. Ту протиче веома велика река коју зову Сава, која долази из Босне и тече поред једног дела зидина, а Дунав се дотиче негде једног утврђеног дворишта које је у подножју тврђаве и ту се улива та речена река Сава у Дунав. И та варош Београд је на саставу ових двеју река и на месту које је доста узвишено са три стране, а четврта, која је према земљи, потпуно је равна и може се доћи до ивице јарка.”

Пристанишни залив на Дунаву очувао се дуго и, исто као и код Савског пристаништа, промене на њему настају тек при крају 17. века с поновним оживљавањем целог овог подручја после мирног раздобља које је Београд проживео под турском опсадом од 1521. до 1688. године.

Због географског положаја, Београд је одувек био важно место за одвијање трговине, било у њему или као транзитна тачка. Кад су га 1521. године освојили Турци, био је познато и важно трговачко средиште. У књизи „Београд у средњем веку” Јованка Калић-Мијушковић пише: „Дунав је одавно био познат као пут којим се најбрже и најлакше може допремити материјал до Београда. Њега су користили бродови не само из Угарске него и из Аустрије и Немачке. Исто тако биле су познате његове притоке, које су повезивале Београд са Ердељом, Чешком и другим областима. Током 1494. године Дунавом су у Београд стигли многи товари хране и оружја. Врло је вероватно да су и трговци користили ове путеве. Београдско пристаниште је ту морало имати велику улогу.”

Током археолошких ископавања нађена је пристанишна капија на североисточном бедему Доњег града. Пред њом се налазила дрвена платформа за прилаз и пристајање чамаца. Кроз капију се с пристаништа улазило у бедемима заштићено насеље.

Пристанишни залив види се на плану који је настао у другој половини 17. века, вероватно за потребе предстојећег сукоба Аустрије и Турске.

На другом, готово истоветном, плану из истог доба на обали Дунавског пристаништа уцртане су две зграде означене као Царинарница и Рибарница. У прилог овоме говоре и записи Мустафе Хаџи Калифе, који је у Београду боравио вероватно половином 17. века: „На ушћу Саве у Дунав налазио се Рибарски трг, пристаниште и Царина београдска.”

Пристанишна капија забележена је само на једном плану с називом Рибља капија. А он приказује напад Аустријанаца 1688. године кад је капија већ била зазидана. А до зазиђивања Пристанишне капије могло је да дође само у време кад је после пораза под Бечом 1683. године Турска предузела радове на припреми Београда за предстојећи напад Аустријанаца. Поред затварања Дунавског пристаништа, затворена је и његова капија кроз коју се могло продрети у град са стране и иначе слабо обезбеђеног североисточног фронта града.

После аустријске победе и закључења Пожаревачког мира 1718. године, обнавља се Београдска тврђава према плановима Николе Доксата де Мореза. Што се Дунавског пристаништа тиче, иза Турака је остао обични базен за чување усидрених бродова.

По пројекту Доксата де Мореза површина ранијег Дунавског пристаништа и турског базена поново је затворена и створено је пристаниште затвореног типа у које је вода из Дунава пропуштана нарочитом браном према потреби, а бродови су у њега могли да уплове кроз капију која је у случају опасности могла да се затвори.

Турци су се вратили већ 1739, а 1765. године у Београду је на пропутовању боравио Вилем Дедел, новоименовани амбасадор Холандије при Порти. Претпостављамо да се искрцао на Дунавском пристаништу. Са аустријског чамца прешао је на турску галију док се с Калемегдана орила канонада топова у знак добродошлице. У дневник је записао: „Чим смо дошли до друге обале, искрцали смо се како бисмо избегли јуриш бескрајне масе људи која се сјатила из радозналости да види хришћане.”

Повратком Турака у Београд тврђава је запуштена, а пристаниште се полако претварало у баруштину и легло комараца, тако да је крајем деветнаестог века насуто и нивелисано. Неколико година пре тога видео га је и описао историчар и инжењер Гаврило Витковић, рођен у Будиму, а житељ Србије од 1855. године:

„Под београдским градом до данас се одржало бедемима окружено Дунавско пристаниште. Између куле Небојше и Видин-капије налази се јака камена капија, која је сада у блату огрезла, кроз коју су шајкаши могли да умакну под заштиту градских зидина. Из Дунава до унутрашњег пристаништа водио је широк и дубок канал који је веома запуштен, али му се место јасно распознаје. Корито овог вијугавог канала било је калдрмисано. Воду су пропуштали у канал кроз брану само за време опсаде града... На утврђеном пристаништу била је гвоздена капија, а шанчеви су били пуни топова и оружја.”

Дунав је 1856. године проглашен међународном реком. У независној Србији од пловидбе Дунавом очекује се много, сматра се да је Београд право место где ће се остваривати веза између Истока и Запада, али проблеми пристаништа решавају се споро.

Емилијан Јосимовић предлаже „да се на плављеном пољу између Доњег града и Дунава изгради басенско пристаниште ван речног корита” и да се тунелом испод Калемегдана повеже Савски кеј са Дунавским пристаништем.

Његов предлог није прихваћен и пристаниште је изграђено на Сави.